Mimpi Dompet Dhuafa Pendidikan untuk memperbaiki kualitas pendidikan Indonesia dengan berbagai program strategis tidak akan optimal apabila tidak didukung oleh tata kelola organisasi yang baik. Selain itu, sebagai lembaga yang mengelola dana zakat, infak, shodakoh dan dana sosial lainya Dompet Dhuafa Pendidikan selalu menjaga amanah bangsa Indonesia agar dampaknya bisa dirasakan oleh rakyat Indonesia.

Maka, Dompet Dhuafa Pendidikan memiliki tata kelola organisasi yang profesional yang diakui oleh lembaga resmi. Dalam hal akuntabilitas kuangan Dompet Dhuafa Pendidikan selama ini selain di audit oleh audit internal juga di audit oleh audit eksternal yaitu Kantor Akuntan Publik.
Sistem tata kelola Dompet Dhuafa Pendidikan menggunakan Baldgride Ekselent Framework dan menjadi organisasi non-provit pertama di Indonesia yang menggunakan BEF.